بر اساس مقررات فعلی، فقط صورتحساب هایی که از نوع فروش کالا یا ارائه خدمات مشمول مالیات بر ارزش افزوده هستند، باید به صورت الکترونیکی و از طریق سامانه مودیان صادر و دریافت شوند. این صورتحساب ها دارای شناسه یکتا بوده و مبنای محاسبه مالیات، اعتبار مالیاتی و رسیدگی های مالیاتی قرار می گیرند. بنابراین در این دسته از معاملات، فاکتور کاغذی به عنوان سند قابل اتکا برای سازمان امور مالیاتی پذیرفته نمی شود و جای خود را به صورتحساب الکترونیکی داده است.
اما همه خریدهای یک شرکت مشمول این الزام نیستند. خریدهای جزئی و مصرفی مانند خرید از سوپرمارکت برای شرکت، هزینه های پذیرایی، لوازم مصرفی اداری یا سایر اقلامی که فروشنده آنها عضو سامانه مودیان نیست یا امکان صدور صورتحساب الکترونیکی ندارند، لزوما در سامانه رد نمی شوند. این موضوع به معنای غیرقابل قبول بودن این هزینه ها نیست، بلکه فقط از نظر مالیات بر ارزش افزوده، اعتبار مالیاتی به آنها تعلق نمی گیرد.
در مورد این نوع هزینه ها، شرکت می تواند فاکتور یا رسید کاغذی را به عنوان سند هزینه در حسابداری نگهداری و ثبت کند. این هزینه ها در دفاتر قانونی ثبت می شوند و در محاسبه سود و زیان و مالیات عملکرد قابل قبول هستند، به شرطی که ماهیت هزینه مرتبط با فعالیت شرکت باشد و مستندات آن نگهداری شود. فقط نباید مبلغ مالیات ارزش افزوده این خریدها به عنوان اعتبار مالیاتی در اظهارنامه منظور شود.
در نتیجه، حذف فاکتور کاغذی به صورت کامل برای همه خریدها اجرا نشده است و فعلا شامل معاملاتی می شود که مشمول صدور صورتحساب الکترونیکی در سامانه مودیان هستند. سایر خریدهای غیرسیستمی همچنان به صورت فاکتور کاغذی یا رسید قابل ثبت حسابداری هستند، اما اثر آنها محدود به هزینه بوده و در چرخه اعتبار ارزش افزوده نقشی ندارند.